許多新穎的基因分型方法始終在溶液中進(jìn)行，故稱之為均相反應(yīng)，其中一些從反應(yīng)開始即無需更多的干預(yù)，另外一些則需要添加試劑的步驟，但無需分離純化。均相反應(yīng)通常很穩(wěn)定，靈活性高，無需大量勞動，但其最大的缺陷是多重平行反應(yīng)數(shù)量有限。固相反應(yīng)是將反應(yīng)起始物錨定在固相載體上，生化反應(yīng)在載體表面進(jìn)行，最終的目標(biāo)產(chǎn)物與載體連接，過量的反應(yīng)起始物、中間產(chǎn)物等經(jīng)過簡單的洗滌即可除去，極大地簡化了反應(yīng)中分離純化的過程。基因分型中使用的固相載體包括載玻片、硅基片、顏色編碼微球（微球所特有的顏色是識別探針的記號，微球在溶液中的反應(yīng)較剛性片基更為充分）、微孔板的孔壁等。在一種策略中，寡核苷酸陣列作為反應(yīng)器集合，靶DNA分子找到對應(yīng)物后，大量分型反應(yīng)在上面平行進(jìn)行；在另一種策略中，寡核苷酸陣列用于對均相反應(yīng)中進(jìn)行的分型反應(yīng)的產(chǎn)物進(jìn)行分類（也平衍進(jìn)行）。在兩種情況中，寡核苷酸在微陣列中的特定位置是已知的，通過判斷季一個特定的寡核苷酸與陽性信號相關(guān)即可推斷基因分型結(jié)果。在固相載體上連廳基因分型的主要優(yōu)點(diǎn)是可以同時分析大量遺傳標(biāo)志物(SNP)。除了節(jié)省時間、節(jié)約試劑外，平行進(jìn)行大量反應(yīng)降低了標(biāo)本結(jié)果混淆的可能性，其主要缺點(diǎn)是陣列設(shè)計(jì)和多重反應(yīng)的優(yōu)化需要大量資金及時間的投入。
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