非序列特異性的SNP檢測是一種基于構象的突變掃描方法，其基本原理是：對于一個經PCR擴增后具有固定長度的DNA片段而言，其分子構象是由堿基序列所決定的。因此，單個堿基的改變能夠引起DNA分子單鏈或等位基因間形成的錯配異源雙鏈在非（或輕度）變性條件下存在微小的構象差別，這些不同的構象體在電泳或高效液相檢測中因移動性的差異而得以區分：發現新的SNP的一個普遍策略就是首先用PCR方法擴增感興趣的基因或基因片段．然后利用基于構象的突變掃描方法快速分析大量PCR產物，最后對陽性的PCR產物進行測序，從而發現新的突變。可供選擇的方法包括單鏈構象多態性分析( SSCP)、構象敏感凝膠電泳、變性梯度凝膠電泳和變性HPLC等。基于構象的SNP檢測方法的優點是可以簡單快速地確定目標基因片段中是否存在突變，其缺點是：①不能給出序列信息，因而無法確定具體突變位點與突變形式；③不能對一個PCR片段中的多個突變加以區分；③對操作者技術要求較高。
序列特異性的SNP檢測是根據已知的基因序列和SNP信息，設計序列特異性的探針和引物，用于已知SNP的分析和確證。隨著更為精確的人類基因組圖譜和高密度SNP圖譜的完善，目前SNP檢測的重點正在由SNP的發現逐漸轉移至對個體或人群中已知SNP的確定和與復雜表型的相關性(如LD)研究。隨著熒光標記、檢測技術的發展和固相反應技術的應用，序列特異性SNP檢測正在向大規模、高密度、平行快速檢測的方向發展，已成為基因分型方法的研究重點。
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