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| DNA鑒定之SNPstream技術(shù) |
SNPstream技術(shù)Ochid公司推出的一套自動(dòng)化、超高通量基因型分析系統(tǒng)。該系統(tǒng)將多重PCR技術(shù)與SNP-ITTM標(biāo)簽陣列單堿基延伸測(cè)序技術(shù)巧妙地結(jié)合在一起。它使用的是寡核苷酸微陣列，采用了一種全新的玻璃底座的384孔板，多重PCR反應(yīng)與基因型分析是在同源反應(yīng)中進(jìn)行的，然后由軟件從雙色熒光中讀出實(shí)驗(yàn)的結(jié)果。這個(gè)系統(tǒng)的靈活性在于既適合于對(duì)包含成千上萬(wàn)個(gè)SNP和成千上萬(wàn)個(gè)樣品的大項(xiàng)目進(jìn)行低成本分析，又適合于對(duì)包含成百上千個(gè)SNP和成百上千個(gè)樣品的小項(xiàng)目進(jìn)行低成本分析。 該系統(tǒng)需要三條引物，即一對(duì)PCR引物和一條SNP-IT引物。PCR引物一般為20～25bp，SNP-IT引物一般為40～45bp，SNP-IT引物由以下兩部分構(gòu)成：5′端20bp的序列與微陣列中的對(duì)照標(biāo)簽互補(bǔ)；3′端25bp的序列能夠形成3 ′互補(bǔ)，從而完成在SNP-IT反應(yīng)中的延伸。引物的設(shè)計(jì)均采用Orchid公司推幽的基于網(wǎng)絡(luò)的引物設(shè)計(jì)工具Autoprimer．com，此網(wǎng)絡(luò)工具一次可以輸入200個(gè)序列，每個(gè)序列上有一個(gè)SNP位點(diǎn)。Autoprimer. com設(shè)計(jì)工具閱讀每個(gè)序列并設(shè)計(jì)三條引物。在384孔板中可以進(jìn)行5µm的PCR反應(yīng)，PCR反應(yīng)之后，需要進(jìn)行PCR產(chǎn)物的清潔和延伸反應(yīng)，然后進(jìn)行SNP成像分析。SNPstream成像儀是基于兩種激光產(chǎn)生兩種顏色的方法，每個(gè)樣品首先用488nm的激光照射，然后是532nm激光的照射，以激活固定在UHT微陣列板上的寡核苷酸的熒光。 SNPstream是一個(gè)自動(dòng)化的多元系統(tǒng)，在384孔板上的每一個(gè)孔中，既可以處理12個(gè)SNP樣品，又可以處理48個(gè)SNP樣品。不論用戶(hù)的研究目標(biāo)是低通量還是高通量，此系統(tǒng)對(duì)于每一個(gè)樣品的成本是相同的。在SNP引物與預(yù)擴(kuò)增的DNA雜交后，標(biāo)記了的終止堿基就會(huì)在目標(biāo)SNP位點(diǎn)延伸引物。延伸了的引物就會(huì)被SNPware Tag Array板捕獲并被檢測(cè)出來(lái)。在SNPware Tag Ar-ray板上可以同時(shí)進(jìn)行多元反應(yīng)，板上的384孔中的每一個(gè)孔中有16個(gè)或52個(gè)已知序列或標(biāo)簽的獨(dú)一無(wú)二的寡核苷酸，板上的每一個(gè)標(biāo)簽與12個(gè)或48個(gè)延伸引物櫟簽之一互補(bǔ)．其余4個(gè)對(duì)照是為了確保其準(zhǔn)確性。與為每個(gè)待測(cè)SNP個(gè)性化定制的微陣列板相比，此基于標(biāo)簽的方法充分運(yùn)用了普通微陣列板的大體積與低制造成本的特點(diǎn)，在成本、基因型及反應(yīng)體積的縮減方面，PCR與SNP-IT標(biāo)簽微陣列相結(jié)合的多路技術(shù)取得了重大的進(jìn)步，而且初步的使用提示多路技術(shù)與擴(kuò)充微陣列的進(jìn)一步增加將會(huì)使基因組和大范圍內(nèi)的種群SNP基因分型日益實(shí)用化。在結(jié)果的一致性與準(zhǔn)確性方面，有文獻(xiàn)報(bào)道，在一組盲測(cè)實(shí)驗(yàn)中，將大約7800個(gè)UHT基因型與那些通過(guò)DNA測(cè)序已定的基因型進(jìn)行比較分析，結(jié)果顯示與已知基因型的一致性達(dá)到99. 5%。更多詳情：http://www.qinzijianding.cn |
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